La actividad del Instituto, fundamentalmente orientada al servicio de la salud pública, tiene como objetivo el asesorar y participar con el Ministerio de Sanidad y Consumo y las CCAA en todos los temas relacionados con los procesos de salud y enfermedad, la vigilancia de la salud y de manera especial con las enfermedades trasmisibles incluyendo entre otros, la vigilancia epidemiológica, el diagnóstico y el control de las mismas o el estudio de brotes, epidemias u otras situaciones de emergencia sanitaria de etiología infecciosa, medioambiental o bien de enfermedades de baja prevalencia.
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